litceysel.ru
добавить свой файл
1



Московский Государственный Университет

им. М. В. Ломоносова

Факультет биоинженерии и биоинформатики


КУРСОВАЯ РАБОТА

ПО БИОИНФОРМАТИКЕ .

Тема : идентификация белка , исследование его аминокислотной последовательности и построение филогенетического древа гомологов .


Автор : Кочмак С.А.

202 группа.

e-mail:kochmak@belozersky.msu.ru

Кураторы : Филиппов П.П. , Сесин И.И.

Отдел сигнальных систем клетки НИИ физико-химической биологии им.А.Н.Белозерского


II семестр 2002-2003 г.

III семестр 2003-2004 г.


Содержание


1.Введение 3

1.1 Семейство аннексинов 3

1.2 Постановка задачи 4

2.Материалы и методы 4

3.Результаты 5

3.1 Идентификация белка 5

3.2 Поиск консенсусных последовательностей 5

3.3 Построение филогенетического древа 7

4.Литература 9


1.Введение .

1.1 Семейство аннексинов . Аннексины ( от греч. Annex – связывать , удерживать вместе ) - общее название семейства кальций- и фосфолипидсвязывающих белков , образующих эволюционно консервативную группу с представителями, экспрессирующимися и в растительном и в животном царствах ( на сегодняшний день известно порядка 160 белков , относимых к этому семейству , и представленных в более чем 65 видах : от грибов и протистов до растений и высших позвоночных ) . Структурно аннексины характеризуются наличием 4 доменов ( 8 в аннексине VI ) , которые сходны друг с другом по своим первичным и вторичным структурам , образованы пятью -цепями и расположены симметрично (Рис. 1 ) .


Р
ис. 1 . Аннексин IV



Многие из этих доменов были закристаллизованы , и их молекулярная структура помогла выявить некоторые интересные черты архитектуры Ca2+связывающих сайтов и центральной гидрофильной поры ( которую образуют домены ) , предположительно функционирующей в качестве кальциевого канала . Наряду с консервативными доменами , все аннексины содержат в N-концевой части уникальную последовательность , определяющую их индивидуальные свойства in vivo ( например , N-концевая часть аннексина II связывает белок р11 ) .

Биохимически аннексины - хорошо растворимые белки , способные к Ca2+зависимому связыванию с биомембранами , при повышении концентрации

кальция могут образовывать тримеры . Другими лигандами аннексинов являются S100 белки , цитоскелет-ассоциированные белки , нуклеиновые кислоты и углеводы , в частности гликозаминогликаны . Полностью биологическое значение неплохо описанного in vitro Ca2+зависимого связывания с фосфолипидами в настоящее время не понято .

Физиологическая роль многих представителей данного семейства остается неясной : предполагаемые функции включают ингибирование свертывания крови ( в том числе предотвращение образования тромбов ) , регуляцию активности фосфолипазы A2 , участие в эндо- и экзоцитозе , взаимодействие с элементами цитоскелета . Аннексины A2 , A5 и A6 участвуют в регуляции сердечной деятельности ( хорошо известна роль кальция для сердца ) . В литературе сообщалось также о связи аннексинов с процессами клеточной пролиферации , дифференцировки и трансформации ; для начальных стадий апоптоза характерно увеличение их концентрации .По последним данным , представители семейства аннексинов могут быть вовлечены в клеточный ответ на стресс : аннексин А1 может выступать в роли шаперона , предотвращая температурную инактивацию глутаматдегидрогеназы . Было показано, что некоторые цитостатики индуцируют в клетках немелкоклеточного рака легкого синтез аннексина IV , который начинает концентрироваться в ядрах этих клеток. Хотя аннексины и не содержат сигнальных последовательностей для секреции , некоторые из них были обнаружены вне клеток , где они могли ингибировать миграцию нейтрофилов , выполнять функцию рецепторов для некоторых протеаз в эндотелии . Функциональные свойства всех аннексинов обусловлены наличием Ca-связывающих участков . Наконец , нарушения экспрессии , активности или локализации представителей данного семейства предположительно коррелируют с некоторыми заболеваниями ( болезней человека , связанных с мутацией в гене аннексина , не описано ) : промиелоцитарной лейкемией , различными аннексинопатиями . При различных лейкемиях , меланоме и раке простаты происходит изменение экспрессии